Bandai lanzó SwanCrystal en Japón el 12 de julio de 2002 como tercera y última revisión de la familia WonderSwan. Mantuvo la compatibilidad con los cartuchos de WonderSwan y WonderSwan Color y conservó la arquitectura fundamental del modelo Color, pero sustituyó su pantalla de matriz pasiva por una LCD TFT de matriz activa. El cambio mejoró especialmente la nitidez y la respuesta de la imagen y eliminó la necesidad del control de contraste utilizado anteriormente. No existió un catálogo exclusivo para SwanCrystal: era una revisión mejorada de la plataforma existente. Fue comercializada oficialmente sólo en Japón.