Bandai lanzó WonderSwan Color en Japón el 9 de diciembre de 2000 como evolución en color de WonderSwan. Mantuvo la compatibilidad con los cartuchos del modelo monocromo de 1999 y conservó su particular disposición de controles, que permitía utilizar determinados juegos tanto en orientación horizontal como vertical. La pantalla en color y la ampliación de memoria permitieron desarrollar software específico para el nuevo modelo. Bandai reforzó además el catálogo mediante acuerdos con compañías como Square, que llevó varios títulos de Final Fantasy al sistema. WonderSwan Color permaneció oficialmente centrada en el mercado japonés.